指挥中心指出，为鼓励各县市合法旅宿业者加入「安心防疫旅宿」行列，观光局今(109)年4月1日至6月30日，奖助各县市提供居家检疫者入住之合法防疫旅宿，每房每日新台币1,000元。合法旅宿业者经所辖县市政府核可后，即能成为安心防疫旅宿，并应遵守观光局、县市政府及卫生福利部相关规范。

指挥中心进一步表示，为兼顾居家检疫与隔离者的权益及国内防疫安全，防疫旅馆的设置应以独栋建筑、动线分流且「1人1室」为原则；若入住者需照顾者陪同(例如亲密接触者无法自行照料生活)，照顾者以一人为限，在房间内应配戴口罩。旅馆大门、柜台、电梯及各楼层出入口等地点需设置消毒液设备，公共区域每天至少清洁一次；房间需可开窗通风，具独立卫浴与空调设备，房内清洁由入住者自行打理，视听娱乐设备遥控器或触控面板应包膜保护，个人清洁用品或餐具则尽量使用一次性消耗品，以减少传播风险。
此外，防疫旅馆需保持门禁，严防不相干人士入内，而入住者活动范围仅能以自己房间为限，未经许可不可任意进出。工作人员应有相关勤前教育，并于勤务期间全程使用口罩，避免与入住者有近距离接触或交谈；其余消毒、废弃物清理与相关人员健康管理细​​节，请参考指引建议事项。

指挥中心感谢国内旅宿业配合政府防疫政策，与各县市政府共同协助提供居家检疫或隔离者安心且方便的环境，降低社区传播风险。指挥中心也呼吁各界给予愿意投入防疫行列的旅宿业者鼓励与肯定，为国内防疫共尽心力。